Arrêt maladie de plus de 3 mois : perte de salaire, indemnités et calcul mois par mois

Comment ça se passe après 3 mois d’arrêt maladie

Un arrêt maladie de plus de 3 mois désigne, en pratique, tout arrêt qui franchit le 90e jour continu de prescription, le seuil auquel le complément légal de l’employeur s’épuise pour la plupart des salariés. Cette page suit l’arrêt dans l’ordre du calendrier : ce qui est versé chaque mois, ce qui change à 6 mois, à 12 mois et en affection de longue durée, et ce que la prévoyance peut rattraper. Elle ne traite pas des accidents du travail ni des maladies professionnelles, qui ont leurs propres règles. Après trois mois, deux payeurs sur trois ont souvent cessé de verser quoi que ce soit, et c’est le troisième qui tient le revenu.

La Sécurité sociale continue. Les indemnités journalières (IJ) sont versées tous les 14 jours, au même montant qu’au début de l’arrêt. Service Public, dans sa fiche F3053 vérifiée le 1er juin 2026, calcule le salaire journalier de base en additionnant les 3 derniers salaires bruts avant l’arrêt et en divisant par 91,25. L’IJ en vaut la moitié, et ce salaire est retenu dans la limite de 1,4 fois le SMIC, soit 2 613,82 € par mois en 2026.

L’employeur a souvent fini. Le complément légal de l’article L1226-1 du code du travail commence au 8e jour d’arrêt et dure un nombre de jours fixé par l’ancienneté (articles D1226-1 et suivants). Il porte le revenu à 90 % du brut, puis à 66,66 %. Passé cette durée, l’employeur ne doit plus rien au titre de la loi.

La prévoyance, si elle existe, prend le relais. C’est un contrat souscrit par l’entreprise, obligatoire ou non selon la convention collective, qui fixe son propre délai d’attente et son propre taux. Sans elle, l’IJ est le seul revenu.

Durée maximale du maintien de salaire par l’employeur

La durée du complément employeur dépend uniquement de l’ancienneté, par tranches de cinq ans. Voici la grille légale publiée par Service Public, complétée par la date à laquelle le complément s’arrête en comptant la carence de 7 jours.

La dernière colonne est le chiffre que les simulateurs ne donnent pas. Elle montre que le cap des 3 mois, soit le 90e jour, se franchit sans complément pour tout salarié qui a moins de 11 ans d’ancienneté. Au-delà, le complément tient quelques semaines de plus, jamais au-delà du 187e jour.

Deux règles réduisent encore cette durée. Le complément exige au moins un an d’ancienneté et l’envoi de l’arrêt sous 48 heures. Et si le salarié a déjà été indemnisé par l’employeur dans les 12 mois précédents, les jours déjà versés sont déduits de ses droits, précise la même fiche. Deux arrêts rapprochés peuvent donc épuiser le complément bien avant la date du tableau.

Une convention collective ou un accord d’entreprise peut faire mieux, en supprimant la carence ou en allongeant la durée. Le détail des trois étages de revenu et de la subrogation figure dans notre page sur comment toucher 100 % de son salaire en arrêt maladie.

Arrêt maladie de plus de 3 mois : la perte de salaire mois par mois

Voici deux cas calculés avec les règles légales seules, sans convention plus favorable ni prévoyance. Les montants sont bruts, sur des mois de 30 jours, et les IJ sont comptées pour chaque jour calendaire.

Premier cas : 2 300 € bruts par mois, 3 ans d’ancienneté. Le salaire journalier de base vaut 6 900 € divisés par 91,25, soit 75,62 €, et l’IJ 37,81 € par jour, sous le plafond.

Second cas : 3 500 € bruts par mois, 12 ans d’ancienneté. Le salaire journalier de base dépasse le plafond : l’IJ est bloquée à 42,97 €, soit 37 % du salaire au lieu de 50 %. Le complément employeur court sur 50 jours à 90 % puis 50 jours à 66,66 %.

Deux enseignements ressortent. Le salarié ancien est mieux protégé au début, mais plus son salaire dépasse 2 613,82 €, plus la chute finale est brutale, parce que l’IJ plafonnée ne suit plus. Et dans les deux cas, la perte la plus lourde n’est pas au premier mois, mais au moment où le complément s’arrête.

En net, l’écart est un peu moins sévère que ces chiffres bruts. Service Public indique que les IJ supportent une CSG de 6,2 % et une CRDS de 0,5 % sur leur montant brut, alors qu’un salaire supporte en plus les cotisations sociales. Le calcul exact du net dépend de la fiche de paie de chacun.

L’indemnisation d’un arrêt supérieur à 3 mois ne remonte pas

Une idée circule encore à propos d’un arrêt maladie de plus de 3 mois : les indemnités journalières seraient revalorisées après ce cap. Ce n’est plus le cas pour un arrêt en cours.

Ce mécanisme existait. L’ancien article R323-6 du code de la sécurité sociale fixait à trois mois la durée au-delà de laquelle l’IJ pouvait être révisée, par un coefficient fixé par arrêté en cas d’augmentation générale des salaires. Légifrance indique que cet article a été abrogé par le décret n° 2021-428 du 12 avril 2021, à compter du 14 avril 2021, et la version de l’article L323-4 en vigueur depuis le 1er juillet 2020 ne prévoit plus cette révision. La fiche F3053 de Service Public ne mentionne d’ailleurs aucune revalorisation liée à la durée de l’arrêt.

Ce qui bouge, c’est le plafond, qui suit le SMIC : avec le SMIC porté à 1 867,02 € bruts au 1er juin 2026, il atteint 42,97 € par jour. Pour savoir si ce plafond relevé s’applique à un arrêt commencé avant, seule la caisse peut répondre sur le dossier.

À 6 mois : de nouvelles conditions pour continuer à toucher les IJ

Le sixième mois est un second seuil, souvent ignoré. Pour continuer à percevoir les IJ au-delà de 6 mois d’arrêt, Service Public exige deux conditions cumulées : être affilié à la Sécurité sociale depuis au moins 12 mois à la date de l’arrêt, et avoir travaillé au moins 600 heures au cours des 12 mois précédents, ou avoir cotisé sur un salaire d’au moins 24 116,40 € sur cette période.

Un salarié récemment embauché, ou qui sortait d’une période de chômage, peut donc voir ses IJ s’arrêter au sixième mois alors que son arrêt continue. Mieux vaut le vérifier auprès de la CPAM dès le troisième mois, quand il reste du temps pour s’organiser.

Durée maximale d’arrêt maladie, et ce qui change pour les ALD

Il n’existe pas de durée maximale pour l’arrêt lui-même : c’est l’indemnisation qui est plafonnée.

Le cas général : 12 mois d’IJ sur 3 ans. Service Public fixe la durée maximale à 360 jours d’indemnités sur une période de 3 ans.

L’affection de longue durée : 3 ans, mais pas pour toutes. En ALD, les IJ peuvent être versées pendant 3 ans, et un nouveau délai de 3 ans s’ouvre après au moins un an de reprise. Le décret n° 2026-866 du 16 septembre 2026 réduit cette durée à un an pour les affections de longue durée dites non exonérantes, celles qui ne donnent pas lieu à une prise en charge à 100 % des soins. Il s’applique aux arrêts prescrits à compter du 15 octobre 2026 et aux arrêts en cours qui atteignent 6 mois à partir de cette date. Les ALD exonérantes gardent leurs 3 ans. La nature exacte de l’affection se vérifie auprès du médecin traitant ou de la caisse.

La prescription, elle, est découpée. Depuis le 1er septembre 2026, le décret n° 2026-498 du 12 juin 2026 limite un premier arrêt à 31 jours et chaque prolongation à 62 jours, sauf justification médicale. Un arrêt de 5 mois passe donc par plusieurs prolongations, sans que le nombre de renouvellements soit limité.

Quand les droits aux IJ s’épuisent et que l’état de santé réduit durablement la capacité de travail, la caisse peut examiner une pension d’invalidité. Ses effets sur la retraite sont expliqués dans notre page sur la retraite et l’invalidité de 2e catégorie.

Ce que la prévoyance peut rattraper

La prévoyance est le seul étage qui peut combler la perte après le complément légal. Trois questions à poser au service paie ou au CSE, notice en main :

• Le délai de franchise : à partir de quel jour d’arrêt le contrat verse-t-il ? S’il démarre après la fin du complément employeur, il y a un trou de plusieurs semaines.
• Le taux garanti : un pourcentage du salaire brut, souvent sous déduction des IJ, avec ou sans plafond.
• La durée : jusqu’à la reprise, jusqu’à l’invalidité ou pour une durée fixe.

Si l’entreprise relève d’une convention collective qui impose un régime de prévoyance, ce régime s’applique même si le contrat de travail n’en dit rien.

Les droits qui continuent pendant un arrêt long

Un arrêt de plusieurs mois n’efface pas tout.

Les congés payés s’acquièrent. En maladie non professionnelle, le salarié acquiert 2 jours ouvrables de congé par mois d’arrêt, dans la limite de 24 jours par an, selon Service Public. Les congés qu’il n’a pas pu prendre à cause de l’arrêt bénéficient d’un report de 15 mois, qui ne commence qu’après l’information donnée par l’employeur à la reprise.

Le contrat est suspendu, pas rompu. L’arrêt maladie seul ne justifie pas un licenciement. Les règles de contrôle pendant cette période sont détaillées dans notre page sur le contrôle de l’arrêt maladie.

Préparer la reprise : rendez-vous de liaison et visite de pré-reprise

Plus l’arrêt dure, plus la reprise se prépare tôt. Trois rendez-vous existent, avec des seuils différents.

Le rendez-vous de liaison, après plus de 30 jours d’arrêt, continu ou cumulé. Il est facultatif, à l’initiative du salarié ou de l’employeur, et sert à présenter les mesures d’accompagnement possibles (article L1226-1-3 du code du travail).

La visite de pré-reprise, pendant l’arrêt. L’article R4624-29 du code du travail l’ouvre aux travailleurs en arrêt depuis plus de trente jours. Le salarié, son médecin traitant, le médecin-conseil de la caisse ou le médecin du travail peuvent la demander. Elle permet d’anticiper un aménagement de poste, un temps partiel ou une formation avant la date de retour.

La visite de reprise, obligatoire après au moins 60 jours d’absence pour maladie ou accident non professionnel (article R4624-31). Elle a lieu le jour de la reprise ou dans les 8 jours qui suivent, à l’initiative de l’employeur.

La reprise peut se faire progressivement, sous la forme d’un mi-temps thérapeutique prescrit par le médecin traitant. Si le médecin du travail conclut que le poste n’est plus tenable, c’est la procédure d’inaptitude au travail qui s’ouvre.

Ce que cette page ne tranche pas

Le montant exact des IJ est calculé et confirmé par la caisse d’assurance maladie. Les conditions d’un maintien de salaire plus favorable se lisent dans la convention collective et les accords de l’entreprise. Le contenu d’un contrat de prévoyance se lit dans sa notice. En cas de désaccord sur un complément non versé, l’inspection du travail ou un avocat en droit du travail sont les bons interlocuteurs.

Questions fréquentes

Comment ça se passe après 3 mois d’arrêt maladie ?

Les IJ continuent au même montant. Le complément employeur légal est épuisé pour les salariés qui ont moins de 11 ans d’ancienneté. Reste la prévoyance, si l’entreprise en a une. Le médecin du travail peut être consulté en visite de pré-reprise.

Quelle est la durée maximale du maintien de salaire ?

De 60 jours (1 à 5 ans d’ancienneté) à 180 jours (31 ans et plus), moitié à 90 %, moitié à 66,66 %, après 7 jours de carence. Une convention collective peut prévoir davantage.

Comment est indemnisé un arrêt maladie de plus de 3 mois ?

Par les IJ de la Sécurité sociale, 50 % du salaire journalier de base, 42,97 € bruts par jour au plus, sans revalorisation liée à la durée de l’arrêt. Au-delà de 6 mois, il faut remplir des conditions d’affiliation et de travail.

Quelle est la durée maximale d’un arrêt maladie ?

L’arrêt lui-même n’a pas de limite, mais les IJ sont limitées à 360 jours sur 3 ans. En ALD exonérante, elles peuvent durer 3 ans. En ALD non exonérante, la durée passe à 1 an pour les arrêts prescrits à partir du 15 octobre 2026.

Perd-on ses congés payés pendant un long arrêt maladie ?

Non. Le salarié acquiert 2 jours ouvrables par mois d’arrêt, 24 jours par an au plus, et peut reporter les congés non pris pendant 15 mois après l’information de l’employeur.

L’employeur peut-il licencier pendant un arrêt de plus de 3 mois ?

L’arrêt ne suffit pas à justifier un licenciement. Les situations qui le rendent possible relèvent d’autres procédures et doivent être examinées avec un avocat ou l’inspection du travail.

Sources :

1. Arrêt maladie : indemnités journalières versées au salarié (F3053), Service Public, vérifiée le 1er juin 2026. https://www.service-public.gouv.fr/particuliers/vosdroits/F3053
2. Arrêt maladie : reprise du travail du salarié (F144), Service Public, vérifiée le 1er juin 2026. https://www.service-public.gouv.fr/particuliers/vosdroits/F144
3. Congés payés et arrêt maladie, Service Public, 2026. https://www.service-public.gouv.fr/particuliers/vosdroits/F2258
4. CSG et CRDS sur les revenus d’activité et de remplacement (F2971), Service Public, vérifiée le 1er juin 2026. https://www.service-public.gouv.fr/particuliers/vosdroits/F2971
5. La durée des arrêts de travail plafonnée depuis le 1er septembre 2026 (A18962), Service Public, 16 juin 2026. https://www.service-public.gouv.fr/particuliers/actualites/A18962
6. Décret n° 2026-498 du 12 juin 2026 relatif au plafonnement de la durée des arrêts de travail donnant lieu au versement d’indemnités journalières, Légifrance, 2026. https://www.legifrance.gouv.fr/jorf/id/JORFTEXT000054245585
7. Décret n° 2026-866 du 16 septembre 2026 relatif à la durée maximale dérogatoire d’indemnisation pour arrêt de travail et à la sanction des abus, Légifrance, 2026. https://www.legifrance.gouv.fr/jorf/id/JORFTEXT000054855169
8. Code de la sécurité sociale, article R323-6 (abrogé le 14 avril 2021), Légifrance. https://www.legifrance.gouv.fr/codes/article_lc/LEGIARTI000006749271
9. Code du travail, articles R4624-29 et R4624-31, Code du travail numérique, ministère du Travail, consultés le 25 septembre 2026. https://code.travail.gouv.fr/code-du-travail/r4624-29

Les règles citées valent au 25 septembre 2026. Les calculs sont des illustrations en brut à partir du minimum légal ; le montant des indemnités journalières est confirmé par la caisse d’assurance maladie, et la convention collective ou le contrat de prévoyance peuvent prévoir un maintien plus favorable.

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